在日机构的设立

不设立机构，直接进行交易

优点

无需在日本国内设置机构的费用，以及人员雇佣费用

缺点

仅适合国际贸易等，并不适合在日本国内开展经营活动

纳税义务的说明及注意点

1. 主营业务所得无需在日本境内纳税，除非在日本境内构成常设机构。
2. 派遣人员以出差形式来日本开展业务的情况下，有可能被税务机关认定构成常设机构从而产生纳税义务。
3. 在日本境内的取得的不动产所得、利息、特许权使用费、股息等源泉扣缴所得税。

适合的交易类型

货物、服务贸易等国际交易

驻在员事务所

优点

不需要办理设立、清算、公告等手续及费用

缺点

驻在员事务所不得从事经营、营销等商业活动

纳税义务的说明及注意点

驻在员事务所在日本进行的各种活动，如果被税务机关认为从事了经营活动则有被征税的风险，从而税收负担变重。

适合的交易类型

正式进出日本前的市场调查，与日本客户的联络等

分公司

优点

1. 可以在日本国内开展经营活动
2. 亏损的情况下，可以用于抵消总公司的利润，从而整体税收的负担减少

缺点

1. 较难从日本国内的金融机构获得融资，社会信赖性较弱
2. 本国总公司需直接承担分公司产生的债务、诉讼等风险
3. 在日本从事的行业需取得相关行政机关批准的，有可能因对资本金有要求而无法设立

纳税义务的说明及注意点

1. 会计财务与国内公司一并核算，日本分公司亏损的情况下，本国公司也可以作为费用抵消本国内的收益从而有节税效果。
2. 如果取得收入的话，将根据分公司在其中的负担的风险和承担的作用来计算应在日本缴纳的法人税。
3. 分公司的收益在缴纳法人税后向本国公司汇款时，原则上在日本不再进行源泉扣缴。
4. 申报法人税时，需要申报总公司在世界范围的决算书
5. 总公司资本金额较大时，需承担较高的法人住民税均等割额

适合的交易类型

刚进出日本市场，不会立即产生盈利的情况。

日本法人

优点

1. 易从金融机构获得贷款或融资等
2. 子公司原则上具有独立法人资格，其破产，诉讼和债务等不会影响母公司
3. 资本金500万日元以上的情形，代表者可取得“经营・管理”签证
4. 各种行政许可取得较容易
5. 比较容易获得各种在留许可

缺点

1. 与日本法人相同，需要遵守日本公司法的规定进行法人变更登记、决算公告等手续
2. 需要建立独立的会计账簿用于会计核算，不可与外国的母公司共同进行损益核算

纳税义务的说明及注意点

1. 日本法人的税后利润收入向本国转入时，原则上按20%进行源泉扣缴征税（根据与相关国家的租税条约，可以得到优惠减免，例如中日之间为10%，港日之间最低为5%）
2. 母公司派出的出差人员在一定情况下有可能构成母公司的代理人常设机构，从而母公司的一部分收益也可能会在日本被征收法人税。
3. 母子公司之间的交易会适用转让定价规则，因此需要以客观的市场价格成交。

适合的交易类型

正式在日本开展商业活动，需要一定的社会认可度的情况。